前回の闘いから5年。新たな敵が地球に飛来した、三人の超人エイリアンエンペリオンの来襲であった。テラプロジェクトによって、再編された「超光部隊バードソルジャー隊」は、エンペリオンとのファーストコンタクトで敗退、その圧倒的なパワーの差に手も足もでなかった。バードソルジャーの新変身システムの開発者・姫川博士の下で特訓に励むバードソルジャー！そして、再びエンペリオンに決戦を挑んだのであった…。